R语言绘制维恩图ggvenn示例详解
<div id="navCategory"><h5 class="catalogue">目录</h5><ul class="first_class_ul"><li>引言</li><ul class="second_class_ul"><li>1.安装</li><li>2.基础用法</li><li>3.图形美化</li><li>4.提取交集部分并输出</li></ul></ul></div><p class="maodian"></p><h2>引言</h2><p>韦恩图，Venn diagram，常用图的一种，用来展示集合之间的特异性和共同性。现在有很多在线的网站都可以绘制，但是R来画也方便，其中ggvenn是基于ggplot2的专门绘制韦恩图的R包。</p>
<p>官方网站：https://github.com/yanlinlin82/ggvenn</p>
<p class="maodian"></p><h3>1.安装</h3>
<p>ggvenn在CRAN上，直接用Install.packages就可以完成安装：</p>
<div class="jb51code"><pre class="brush:bash;">&gt; install.packages("ggvenn")
&gt; library(ggvenn)
</pre></div>
<p class="maodian"></p><h3>2.基础用法</h3>
<p>ggvenn支持list和data.frame两种数据格式。这里以三个基因文件为例：</p>
<p>读取三个基因文件：</p>
<div class="jb51code"><pre class="brush:bash;">> set1<-read.csv("gene_a.csv")
> set2<-read.csv("gene_b.csv")
> set3<-read.csv("gene_c.csv")
</pre></div>
<p>提取每个文件的基因id，创建list：</p>
<div class="jb51code"><pre class="brush:bash;">> dat <- list( A = set1$gene_id,B = set2$gene_id, C = set3$gene_id)
</pre></div>
<p>绘图：</p>
<div class="jb51code"><pre class="brush:bash;">> ggvenn(dat)
</pre></div>
<p style="text-align:center"><img alt="" src="https://img.jbzj.com/file_images/article/202206/2022062409070701.jpg" /></p>
<p>绘制部分list：</p>
<div class="jb51code"><pre class="brush:bash;">> ggvenn(dat, c("A", "B"))
</pre></div>
<p style="text-align:center"><img alt="" src="https://img.jbzj.com/file_images/article/202206/2022062409070702.jpg" /></p>
<p class="maodian"></p><h3>3.图形美化</h3>
<p>填充</p>
<ul><li>fill_color：填充颜色</li><li>fill_alpha：填充透明度</li></ul>
<p>边框</p>
<ul><li>stroke_color：边框颜色</li><li>stroke_alpha：边框透明度</li><li>stroke_size：边框粗细</li><li>stroke_linetype：边框线的类型</li></ul>
<p>集合名</p>
<ul><li>set_name_color：集合名颜色</li><li>set_name_size：集合名字号</li></ul>
<p>集合内文本</p>
<ul><li>text_color：文本颜色</li><li>text_size：文本字号</li></ul>
<p>百分比</p>
<ul><li>show_percentage：TRUE or FALSE</li></ul>
<div class="jb51code"><pre class="brush:bash;">> ggvenn(dat,show_percentage = T,
stroke_color = "white",
stroke_size = 0.5,
fill_color = c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
set_name_color =c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
set_name_size = 15,text_size=6)
</pre></div>
<p style="text-align:center"><img alt="" src="https://img.jbzj.com/file_images/article/202206/2022062409070703.jpg" /></p>
<p class="maodian"></p><h3>4.提取交集部分并输出</h3>
<div class="jb51code"><pre class="brush:bash;">> A_B <- as.data.frame(intersect(set1$gene_id, set2$gene_id))
> write.csv(A_B,"A_B_common_gene.csv",row.names = F)</pre></div>
<p>以上就是R语言绘制维恩图ggvenn示例详解的详细内容，更多关于R绘制维恩图ggvenn的资料请关注琼殿技术社区其它相关文章！</p>
<div class="art_xg">
<b>您可能感兴趣的文章:</b><ul><li>R语言绘图学习教程VennDiagram绘制venn</li><li>R语言绘制Bubble Matrix气泡矩阵图</li><li>R语言绘制line plot线图示例详解</li><li>R语言绘制Facet violin plot小提琴刻面图实现示例</li><li>R语言绘制小提琴图violin plot实现示例</li><li>R语言学习VennDiagram包绘制韦恩图示例</li></ul>
</div>
</div>
<!--endmain-->
頁:
[1]