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第二章 创建数据集 内容记录 基本数据结构 向量：向量下标从0开始；向量下标可取负值，表示去除指定位置上的元素；R中运算都是向量化的，类似pandas中的运算逻辑；常用的统计函数； 因子：名义型没有顺序关系，有序型分层级和顺序，区别靠定义时区分：定义时是否设定labels的顺序（order=TRUE） 矩阵 数组：数组多指矩阵 ...

写在前面：作为一个刚开始从业生信的吊车尾，认为生信技能要来自于网罗，举一反三，加以思考，为自己的目的加以练习。 本次的思路来自于RColorBrewer和ggsci 目标：做一个便于保存自己配色，且随时进行查看的Rscript，后续考虑实用性，再加以制作R包 下面是一个简单的基于 Base Plotting System 的绘图代码，便于适用于不同 ...

目录关于 R 语言的简单介绍到什么地方去找 R 语言的教程R 语言的基本语法文件与路径为什么要注意路径问题？关于文件格式R Script 与 R MarkdownR ScriptR MarkdownYAML 头部Markdown 文档部分可运行的代码块 关于 R 语言的简单介绍 上一期 R 语言入门笔记里面我简单介绍了 R 语言的安装和使用方法，以及各项避免踩坑的注意 ...

  本文介绍基于R语言中的readxl包与ggplot2包，读取Excel表格文件数据，并绘制具有多个系列的柱状图、条形图的方法。   首先，我们配置一下所需用到的R语言readxl包与ggplot2包；其中，readxl包是用来读取Excel表格文件数据的，而ggplot2包则是用以绘制柱状图的。包的下载方法也非常简单，以readxl包为例，我们输入如下 ...

  本文介绍基于R语言中的UBL包，读取.csv格式的Excel表格文件，实现SMOTE算法与SMOGN算法，对机器学习、深度学习回归中，训练数据集不平衡的情况加以解决的具体方法。   在之前的文章SMOGN算法Python实现：解决回归分析中的数据不平衡中，我们介绍了基于Python语言中的smogn包，实现SMOGN算法，对机器学习、深度学习回 ...

  本文介绍基于R语言中的raster包，批量读取多张栅格图像，对多个栅格图像计算平均值、标准差，并将所得新的栅格结果图像保存的方法。   在文章基于R语言的raster包读取遥感影像中，我们介绍了基于R语言raster包，对单张或多张栅格图像加以平均值、标准差计算的方法；但这一篇文章中的标准差计算方法仅仅可以对一张栅格 ...

  本文介绍基于R语言中的Ternary包，绘制三元图（Ternary Plot）的详细方法；其中，我们就以RGB三色分布图为例来具体介绍。   三元图可以从三个不同的角度反映数据的特征，因此在很多领域都得以广泛应用；如下图所示，就是一个最简单的三元图。其中，基于R语言中的Ternary包，我们可以非常方便地绘制三元图；本文就对其 ...

  本文介绍基于R语言中的GD包，依据栅格影像数据，实现自变量最优离散化方法选取与执行，并进行地理探测器（Geodetector）操作的方法。   首先，在R语言中进行地理探测器操作，可通过geodetector包、GD包等2个包实现。其中，geodetector包是地理探测器模型的原作者团队开发的，其需要保证输入的自变量数据已经全部为类 ...

  本文介绍基于R语言中的geodetector包，依据多张栅格图像数据，实现地理探测器（Geodetector）操作的详细方法。   需要说明的是，在R语言中进行地理探测器操作，可以分别通过geodetector包、GD包等2个包实现。其中，geodetector包是地理探测器模型的原作者团队早先开发的，其需要保证输入的自变量数据已经全部为类别数 ...

  本文介绍基于R语言中的raster包，读取单张或批量读取多张栅格图像，并对栅格图像数据加以基本处理的方法。 1 包的安装与导入   首先，我们需要配置好对应的R语言包；前面也提到，我们这里选择基于raster包来实现栅格图像数据的读取与处理工作。首先，如果有需要的话，我们可以先到raster包在R语言的官方网站中，查阅r ...

  本文介绍R语言及其集成开发环境RStudio的下载、安装方法。   R语言是一个属于GNU操作系统的开源软件，在数据统计与分析、可视化等方面具有优秀的表现；而RStudio则是R语言的集成开发环境（IDE），可以帮助我们更好地编辑、调试R语言的代码。这二者的关系有点类似于Python与Spyder的关系——我们可以只下载R语言，用其 ...

多窗谱分析（Multi-Taper Method，MTM）作为一种低方差、高分辨率的谱分析方法，可用于对气温、降水量等时间序列数据的周期性变化分析，且已在气候研究领域中得到了广泛应用。本文将介绍如何在 R 语言环境下，借助相关 R 包实现 MTM 分析，并导出分析结果。 1 安装及加载 R 包 在开始分析之前，我们需要加载两个关键的 R 包 ...

目的： 对illumina数据进行处理，利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点，或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据，通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备： 数据下载： Human genome(GRCh38/hg3)：Index of /goldenPath/hg38/chro ...

前言 redis是一个非常快速‎‎的非关系数据库‎‎解决方案。其简单的键值数据模型使 Redis 能够处理大型数据集，同时保持令人印象深刻的读写速度和可用性。‎redis提供了五种数据类型，分别是是：1、string（字符串）；2、hash（哈希）；3、list（列表）；4、set（集合）；5、sort set （有序集合）（其实随着 Redis 版本的 ...

0x01 安装与R基础 一直听说数据分析里R语言是比较‘正统’，况且久闻ggplot2这些R语言的数据分析库大名，想到今后数据分析和整理的需要，这里开一个简单的系列学习一些R语言和ggplot2的绘图基础。本人学习的书籍是Winston Chang大佬的《R Graphics Cookbook》，且稍有一点Python里的Plotnine绘图基础。但我算是R语言小白， ...

快就一个字，甚至比以快著称于世的Sublime 4编辑器都快，这就是Zed.dev编辑器。其底层由 Rust 编写，比基于Electron技术微软开源的编辑器VSCode快一倍有余，性能上无出其右，同时支持多人编辑代码。 安装和配置Zed.dev Zed.dev编辑器还在灰度测试阶段，暂时只释出了Mac版本，在Zed.dev官网下载，安装成功后，进入Zed.dev编 ...

# Create test matrix（造数据） set.seed(6) test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3 test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2 test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4 colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "" ...

  本文介绍基于R语言中的raster包，遍历文件夹，读取文件夹下的大量栅格遥感影像，并逐一对每一景栅格图像加以拼接、融合，使得全部栅格遥感影像拼接为完整的一景图像的方法。   其中，本文是用R语言来进行操作的；如果希望基于Python语言实现类似的批量拼接、镶嵌操作，大家可以参考Python arcpy创建栅格、批量拼接栅 ...

  本文介绍基于R语言中的raster包，遍历读取多个文件夹下的多张栅格遥感影像，分别批量对每一个文件夹中的多个栅格图像计算平均值，并将所得各个结果栅格分别加以保存的方法。   其中，本文是用R语言来进行操作的；如果希望基于Python语言实现类似的平均值求取操作，大家可以参考Python ArcPy批量计算多时相遥感影像的 ...

前言 SVG对不少前端来说就是一个熟悉的陌生人，此篇博客是我学习完SVG后做的一个小总结，帮助我快速回忆SVG相关内容。 它不能帮你精通 SVG，但是可以帮你快速了解SVG的一些核心内容，不会迷失在一些细枝末节的设定中，让你对 SVG 有一个大概的认识。 基础 SVG，全名 Scalable Vector Graphics，是可缩放的矢量图形，可以随 ...