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目录数据格式创建等距时间序列的方法（分钟）画图代码数据格式 sample=read.csv("sample.csv",header = T,stringsAsFactors = F)head(sample) 创建等距时间序列的方法（分钟） time=strptime("00:00:00","%H:%M:%S")+300*0:287 #没有填日期的时候，默认日期为今天 画图代码 #time首先要转换成 POSIXct 格式, 下面的breaks ...

目录分组设置颜色给每行增加辅助线分组设置颜色 library(forestplot) fn <- local({ i = 0 function(..., clr.line, clr.marker){ i <<- i + 1 if(i%%4==3){fpDrawNormalCI(..., clr.line = "#000000", clr.marker = "#00B9BF")} #4组中的第3组 else if(i%%4==0){fpDrawNormalCI(..., clr.line = "#000000" ...

目录前言加载R包，数据ggplot2绘制gganimate 动态参考资料前言 介绍一个主要用于绘制动画的ggplot2的扩展包---gganimate包。 Hans Rosling的关于“New Insights on Poverty”的TED演讲绝对是对我影响最大的几个TED之一，原来数据可以这样展示,,,可视化可以这样炫,,,故事可以这样讲... 下面尝试使用 gganimate 包 ...

目录简介开始作图1. PCA 分析图本质上是散点图2. 为不同类别着色3. 样式微调简介 主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种无监督的数据降维方法，通过主成分分析可以尽可能保留下具备区分性的低维数据特征。主成分分析图能帮助我们直观地感受样本在降维后空间中的分簇和聚合情况，这在一定程度上亦能体现样 ...

R刚入门的时候，能够正确读取单个文件就觉得小有成就，随着时间的积累，单一文件地读取已经不能满足需求了，此时，批量地做就是解放双手地过程。 使用for循环把下载地TCGA数据读入R语言并转换成数据框 使用三个for循环来完成，这是第一个for循环。 1. 把所有数据读入在一个文件夹中 dir.create("data_in_one") #创建目标文 ...

vscode - 代码模板 程序编写时，一段代码或说明会重复出现，使用模板有利于提高我们的工作效率。 VSCode 作为一种轻量级的代码编辑器，业界内颇受欢迎；下面就介绍一下如何利用VSCode snippet 制作代码模板。 创建一个snippets 菜单栏选择File 下拉菜单中选择 Preferences 再选择User snippets，出现下图情况，选择对应的 ...

目录1.因子2.table() 函数3.tapply() 函数4.forcats 包的因子函数1.因子         R 中用因子代表数据中分类变量 , 如性别、省份、职业。有序因子代表有序量度，如打分结果，疾病严重程度等。         用 factor() 函数把字符型向量转换 ...

目录1.日期和日期时间类型2.从字符串生成日期数据3.日期显示格式4.访问日期时间的组成值5.日期舍入计算6.日期计算 6.1 时间长度          6.2 时间周期 6.3 时间区间7.基本 R 软件的日期功能7.1 生成日期和日期时间型数据7.2 取出日期时 ...

目录1.正整数下标2.负整数下标3.空下标与零下标4.下标超界5.逻辑下标6. which()、which.min()、which.max() 函数7. 元素名8.用 R 向量下标作映射9.集合运算练习 1.正整数下标 首先定义一个x，然后对向量 x, 在后面加方括号和下标可以访问向量的元素和子集，如：  定义一个x： x <- c(1, 4, 6.25) x 返 ...

目录一、逻辑型向量与比较运算二、 逻辑运算三、逻辑运算函数一、逻辑型向量与比较运算         逻辑型是 R 的基本数据类型之一，只有两个值 TRUE 和 FALSE, 缺失时为 NA。         逻辑值一般产生自比较，如 sele <- (log10(15) < 2); p ...

目录一、常量与变量1.常量   2.变量      二、数据类型三、数值型向量3.1 c() 函数3.2 length(x)3.3 numeric()四、向量运算1.标量和标量运算2.向量与标量运算3.等长向量运算4.不等长向量的运算五、向量函数1.向量化的函数2.排序函数3.统计函数4.生成规则序列的函数六、  ...

目录1. W检验（Shapiro–Wilk (夏皮罗–威克尔 ) W统计量检验)2. K检验(经验分布的Kolmogorov-Smirnov检验)3. 相关性检验：4. T检验5. 正态总体方差检验6. 二项分布总体假设检验7. Pearson 拟合优度χ2检验8. Fisher精确的独立检验：9. McNemar检验：10. 秩相关检验11. Wilcoxon秩检验1. W检验（Shapiro&ndash ...

目录线图单线图多线图横轴文本线图线图 线图是反映趋势变化的一种方式，其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵，第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域，第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度，想绘制一张线图展示。 profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 -4000;8.4 -3000;8.3 -2000;7.2 -1000;3.6 0;3.6 ...

目录火山图输入数据格式使用significant列绘制火山图自动计算significant列绘制火山图火山图中标记基因的名字火山图 火山图用于展示基因表达差异的分布，横轴为Log2 Fold Change，越偏离中心差异倍数越大；纵轴为(-1)*Log10 P_adjust，值越大差异越显著。一般横轴越偏离中心的点其纵轴值也会比较大，因此呈现火山喷发的形状 ...

目录前言效果展示小结参考附录：RVirusBroadcast代码前言 前几天微博的一个热搜主题是**“计算机仿真程序告诉你为什么现在还没到出门的时候！！！”**，该视频用模拟的疫情数据告诉大家“不要随便出门（宅在家）”对战胜疫情很重要，生动形象，广受好评。 所用的程序叫VirusBroadcast，源码已经公开， ...

时光飞逝，岁月如梭，转眼又是一年过去了，本小仙怎么还是一事无成呢！ 转念一想，这种事也不是一次两次了，再多一个又何妨，哈哈！ 回归正题，今天就给大家介绍下直方图（histogram）的“好兄弟”——条形图（bar chart）。假设小仙同学现在要帮一家书店用图形展示2018年最受大家欢迎的书目,数据如下 ...

目录Step1. 绘图数据的准备Step2. 绘图数据的读取Step3.绘图所需package的安装、调用Step4.绘图Step5.美化又是一个好久不见，朋友们你们最近还好吗！最近小仙同学刚经历了人生中的一个重要的里程碑——延毕。在预料之中、又如期而至的两个字，小仙心里也是很复杂，可终究跟“毕业”二字沾了边，就当它 ...

目录Step1. 绘图数据的准备Step2. 绘图数据的读取Step3. 绘图所需package的安装、调用Step4. 绘图最近小仙同学在Nature Cell Biology上看到了这样一张图，很常见的折线图画成这个样子——原来很常见的图标类型也可以“焕发新春”！ 今天小仙同学就尝试用R复刻一张类似的折线图。 Step1. 绘图数据的准 ...

目录Step1. 绘图数据的准备Step2. 绘图数据的读取Step3.绘图所需package的安装、调用Step4. 绘图Step5.美化老铁们，许久未见啦。顺便说一下，最近可不是小仙同学偷懒哟，电脑上个月送修今天刚刚拿回来(想买联想Yoga的同学先问问自己会不会拆电脑换排线，我买的这台用了一个月，送修也用了一个月 )。最近我可攒了个大招呢， ...

目录Step1. 绘图数据的准备Step2. 绘图数据的读取Step3.绘图所需package的安装、调用Step4.绘图Step5.美化即便小仙同学决定学习R语言来提升自己作图的“逼格”的时候，心中还有有些疑虑的(嘿嘿，我这么懒，可不愿意做无用功了?)。仔细想了想，貌似又找到了两个学习R的理由。 一是R可以帮助我们避免重复劳动，实现 ...